10 ruang kelas di SD Marsudirini pada tahun pelajaran 2019-2020 terdiri atas:
| Kelas | Jumlah |
| I | 2 |
| II | 2 |
| III | 2 |
| IV | 1 |
| V | 2 |
| VI | 1 |
| Total | 10 kelas |
Setiap ruang kelas memiliki design ruang yang berbeda beda. Sekolah bekerja sama dengan orang tua untuk bersama-sama menghias kelas agar suasana belajar mengajar semakin nyaman.