SD Marsudirini St Yoseph Muntilan memiliki 2 ruang UKS, UKS putra dan UKS putri. Kegiatan pemeriksaan rutin siswa yang dilaksanakan oleh Puskesmas juga dilaksanakan di UKS. Sekolah ini memiliki 4 dokter kecil yang selalu siap ketika teman-teman butuh bantuan.