SD Marsudirini St. Yoseph Muntilan memiliki ruang laboratorium Komputer dengan jumlah 25 unit komputer. Kegiatan computer dilaksanakan sesuai jadwal . selain khusus untuk peserta didik SD Marsudirini St. Yoseph Muntilan, Lab. Komputer ini juga digunakan oleh peserta didik dari TK Marsudirini St. Theresia.