SD Marsudirini St Yoseph Muntilan merupakan salah satu sekolah yang didirikan oleh Para Suster Santo Fransiskus (OSF) dengan nama Yayasan yaitu Marsudirini. Mar-Maria, Su-Suci, Di-Dyah, Ri-Rinoboko, Ni-Niskolo demikian arti dari Marsudirini yang berarti Maria Tak Bernoda.

Karya Pendidikan SD Marsudirini St. Yoseph Muntilan bertujuan membentuk pribadi yang utuh dan unggul dalam bidang akademik dan juga non akademik, dengan mengembangkan aspek fisik, ketrampilan, IQ, EQ, SQ, secara optimal.

Meningkatkan kepribadian dan akhlak mulia serta mampu menghayati nilai-nilai luhur sesuai dengan semangat St. Fransiskus dan Magdalena Daemen, serta selalu memohon perlindungan Bunda Maria.